Трудову діяльність розпочав на Прикарпатському меблевому комбінаті, згодом працював у Івано-Франківському лісокомбінаті. У серпні 1991 року Роман Маланій займає посаду судового виконавця Івано-Франківського міського народного суду. Із березня 1999 по грудень 2000 року працює начальником відділу державної виконавчої служби Івано-Франківського міського управління юстиції, а згодом – начальником Івано-Франківського міського управління юстиції. З вересня 2005 року – начальник державної виконавчої служби в області. У квітні – липні минулого року Роман Маланій – помічник міністра юстиції України, а згодом – радник президента з правових питань Івано-Франківської торгово-промислової палати.
Розпорядженням обласної державної адміністрації від 03.01.2017 року № 1-к Романа Маланія призначено керівником апарату ОДА.